上海西校区最初是上海铁路大学(总部)。1995年5月，上海铁道学院和上海铁道医学院合并成立上海铁道大学，其校本部设在前上海铁道学院。2000年4月，同济大学和上海铁路大学合并成立了新的同济大学。原上海铁路大学(总部)成为同济大学上海西校区。上海西校区管理委员会成立于2000年7月，中国共产党同济大学上海西校区工作委员会(以下简称党委)成立于2000年8月。