学校前身为山东省昌威医学院，创建于1951年，1958年扩建为昌威医学院，1987年更名为潍坊医学院。1986年，经国务院学位委员会批准，成为全国第三批硕士学位授予单位。自2002年以来，学校与山东大学、南方医科大学和华中科技大学联合培养博士生。