上海交通大学医学院图书馆前身为上海第二医科大学图书馆，成立于1952年，当时全国高等医学院校的院系调整，以原震旦医学院、圣约翰医学院和同德医学院图书馆的医学书刊为基础。两所学校合并后，正式命名为上海交通大学医学院图书馆，又称上海交通大学医学院图书馆图书馆总建筑面积现在达到10199.50㎡其中阅览室3215㎡,687个阅读座位，包括四个信息共享专用阅览室、一个电子阅览室和一个古籍阅览室。共有图书56.88万册，拥有35个医学电子文献数据库和4000多种医学及相关学科的电子全文期刊，其中中文期刊约1500种